پس از آن‏كه مجلس شوراي اسلامي به دليل همسويي و همكاري بني صدر رييس جمهور وقت، با گروهك منافقين، دامن زدن به تشنجات و درگيري‏ها در كشور، كوتاهي در دفاع از مرزهاي ايران در دوران جنگ و عدم ممانعت از تجاوز ارتش بعث عراق به مرزهاي كشور، راي به عدم كفايت سياسي وي داد و حضرت امام خميني(ره) نيز، او را از رياست جمهوري عزل كردند، او به يك زندگي مخفي روي آورد و همواره توسط نامه و نوار، مردم را به شورش و آشوب دعوت مي‏كرد. اما زندگي مخفي او چندان به طول نيانجاميد و با مشت محكمي كه مردم با شركت در انتخابات رياست جمهوري و انتخاب شهيد رجايي به اين سمت، بر دهانش كوبيدند، با حالت سرخوردگي و ذلّت تمام، همراه با مسعود رجوي سركرده منافقين و با چهره و لباس زنانه از كشور فرار كرد. او با يك هواپيماي بويينگ 707 ربوده شده، به طور غير مجاز به سوي قبرس پرواز كرد و پيش از آن كه هواپيماهاي شكاري نيروي هوايي جمهوري اسلامي ايران كه در تعقيب هواپيماي ربوده شده بودند به اين هواپيما برسند، از مرز ايران خارج شد. همچنين پس از آن‏كه وي در پاريس مستقر شد، مقامات فرانسه به تقاضاي ايران براي استرداد بني‏صدر ترتيب اثر ندادند و او در آن جا با همكاري رجوي، تشكيلاتي بانام "شوراي مقاومت" براي مبارزه با جمهوري اسلامي و سران آن تشكيل داد. عمر اين شورا چندان نپاييد و به زودي متلاشي گرديد.